事業(yè)單位實行各項收入與支出的統(tǒng)一核算、統(tǒng)一管理，按照非應稅收入與非應稅支出計算的結余是“事業(yè)結余”；依權責發(fā)生制原則和配比原則計算的應稅收入與應稅支出的結余是“經(jīng)營結余”。其中對于材料、辦公用品、低值易耗品等間接費用，需科學選擇分配標準，進行合理分攤。分清“應稅收支”和“非應稅收支”尤為重要，如果會計核算準確，那么根據(jù)國稅發(fā)[1999]65號文件有關規(guī)定，事業(yè)結余就是非應稅結余，經(jīng)營結余就是應稅結余，可以直接按照企業(yè)相同稅率計算繳納企業(yè)所得稅。這是目前事業(yè)單位會計核算、納稅征繳的理想狀態(tài)。事業(yè)單位能夠按照業(yè)務性質嚴格劃分應稅收支和非應稅收支，體現(xiàn)稅法的公平性與合理性。但是，對于大多數(shù)事業(yè)單位來說，實際操作具有很大困難。在考慮實施的可行性和成本效益性上，多數(shù)事業(yè)單位并未達到上述要求。
　　現(xiàn)行事業(yè)單位按照財務會計制度規(guī)定實行收付實現(xiàn)制核算的情況下，收入支出沒有一一對應關系。事業(yè)單位各項收入全部納入單位預算，統(tǒng)一核算，統(tǒng)一管理。事業(yè)單位雖有經(jīng)營性收入，但成本和費用無法按財務制度進行配比。“應稅收支”和“非應稅收支”不能嚴格區(qū)分，“非應稅收入”占用“應稅收入”成本現(xiàn)象普遍存在，致使計算企業(yè)所得稅應稅收入所得額得不到真實體現(xiàn)。因此，筆者在此會計核算基礎上，分別對比例分攤法、核定征收法及參考其他國家規(guī)定的幾種衍生方法優(yōu)缺點進行分析。
　?。?）比例分攤法。
　　根據(jù)國稅發(fā)[1999]65號文件規(guī)定，如果事業(yè)單位對于“應稅收支”和“非應稅收支”確實難以劃分清楚，確定采取分攤比例法計算應納稅收入總額應分攤的支出項目金額。納稅單位將該核算方法報主管稅務機關備案后即可執(zhí)行。“分攤比例法”是指由主管稅務機關根據(jù)事業(yè)單位的應納稅收入總額占該單位全部收人的比重作為分攤比例，分攤其全部支出中應當由納稅收人分攤的部分，并據(jù)以計算應納稅所得額。其計算公式為：應納所得稅額=（應稅收入一應稅支出）×適用稅率；應稅支出=支出總額x分攤比例；分攤比例=應稅收入÷收入總額。這種計算方法的優(yōu)點是簡單易行，缺點是減弱了納稅的準確性與合理性。它不能準確反映納稅單位的實際應稅收支情況，對于非應稅收入較多且支出較大的事業(yè)單位，有可能多交企業(yè)所得稅；同樣，對于非應稅收入較少且支出較大的事業(yè)單位，有可能少交企業(yè)所得稅。
　　（2）核定征收法。
　　對不能嚴格區(qū)分“應稅收支”和“非應稅收支”的事業(yè)單位，也可以采用核定征收法計算企業(yè)所得稅。“核定征收法”是由主管稅務機關根據(jù)實際情況核定納稅人的應納稅所得額占應稅收入總額的比例。其計算公式為：應納所得稅額=應納稅所得額×適用稅率；應納稅所得額=應稅收入×應稅所得率。其中，“應稅所得率”可以由主管稅務機關根據(jù)不同事業(yè)單位處于不同行業(yè)的具體情況核定相應比率，也可以統(tǒng)一按照固定比例核定比率。